Les cyanobactéries peuvent produire des toxines, appelées cyanotoxines. Lorsqu’il y a une fleur d’eau avec écume, la quantité de cyanotoxines est possiblement problématique. Il existe trois types de toxines:
- les dermatotoxines (affectant la peau et les muqueuses)
- les hépatotoxines (affectant le foie)
- les neurotoxines (affectant le cerveau)
Le problème de santé le plus fréquent concerne l’irritation de la peau suite aux activités de baignade. L’ingestion d’eau contaminée pourrait à la longue affecter le foie et le cerveau. C’est la raison pour laquelle les autorités de santé publique, en présence de grandes quantités de cyanobactéries, émettent des avis de santé publique.



